En 1990, Giampiero Boniperti le entregó el mandato presidencial a Mr Vittorio Caissotti di Chiusano. Tres años después la Juventus conquistó su tercera Copa UEFA, pero no tuvo la mejor seguidilla a nivel doméstico. En 1994 el club comenzó una renovación. Chiusano siguió como presidente, y en lo operativo aparecieron Roberto Bettega, Antonio Giraudo y Luciano Moggi.
Marcelo Lippi entrenaba al equipo y nuevas caras empezaron a aparecer, como Ferrara en la defensa, Paulo Sousa y Deschamps en el mediocampo y Gianluca Vialli y Roberto Baggio junto a un interesante joven en la delantera. Ese chico llegó luego de un año en el Padova, y demostró una personalidad y una técnica notables. Un tal Alessandro Del Piero, quien logró reescribir todos los récords de la Juventus. La siguiente temporada fue un duelo con Parma, que logró vencer a la Juve en la final de la Copa UEFA. A pesar de eso, los Bianconeri lograron el Scudetto y también vencerlos en la final de la Coppa Italia. El año tuvo éxitos pero también la tragedia que supuso la muerte de Andrea Fortunato el 25 de abril de 1995 por una enfermedad incurable. El Scudetto permitió que la Juve acceda nuevamente a la Champions League al siguiente año, cuando vencieron a Real Madrid en cuartos y al Nantes en semis. La final se jugó en Roma contra el campeón reinante Ajax. El 22 de mayo de 1996 finalizó 1-1, y luego los Bianconeri convirtieron todos sus lanzamientos. El portero Peruzzi atajó dos, y Jugovic desató la locura luego de convertir el último lanzamiento que consagró a la Juve campeona de Europa.
El plantel cambió drásticamente la siguiente temporada, con las salidas de Vialli y Ravanelli y las llegadas de Boksic, Vieri y Amoruso. Montero y Zidane también llegaron para fortalecer la defensa y el mediocampo. Los Bianconeri volvieron a conquistar la Intercontinental, luego de vencer a River Plate en la final disputada en Tokio con un gol de Del Piero. El equipo también conquistó el Scudetto y la segunda final consecutiva de Champions League fue para los ex jugadores de la Juve Moeller y Paulo Sousa. La siguiente temporada también vio a los Bianconeri cerca de la gloria, perdiendo contra Real Madrid en Ámsterdam. A pesar de eso el club conquistó el Scudetto número 25 gracias a la forma que demostraron Inzaghi y Del Piero. La siguiente temporada Del Piero sufrió una lesión el 8 de noviembre de 1998 en Údine, y sin sin presencia la Juventus no pudo mantener el ritmo y Carlo Ancelotti relevó a Lippi en el banco.
Luego de dos temporadas sin éxitos Lippi volvió en 2001. El entrenador de Viareggio llevó un equipo sin figuras como Inzaghi y Zidane a encontrar jugadores vitales como Buffon, Thuram y Nedved. El campeonato se definió de forma agónica. Inter lideraba y jugaba contra Lazio en Roma, mientras Juventus visitaba al Udinese. Los de Lippi establecieron una ventaja de dos goles en apenas quince minutos, mientras que Inter se ponía dos goles por debajo y perdía sus esperanzas de campeonar. El Scudetto número 26 se recordará por Del Piero y Trezeguet y por las lágrimas de Ronaldo. El título quedó nuevamente en Turín al año siguiente, otro año trágico. El ‘Avvocato’ Giovanni Agnelli murió el 24 de enero de 2003 y el club estuvo de luto. En mayo la Juventus perdió la final de la Champions League contra Milan en Wembley por penales.
El 15 de julio de 2003 fue una fecha histórica porque la Juventus acordó con la ciudad de Turín la adquisición de las tierras en donde se encontraba el estadio Delle Alpi, en donde iba a construirse el nuevo estadio. Mientras tanto los Bianconeri se vengaron del Milan conquistando la Supercopa en los Estados Unidos. La fiesta no duró mucho por la muerte del presidente Vittorio Caissotti di Chiusano. El vicepresidente de FIAT, Franzo Grande Stevens asumió el cargo. Al margen de la Supercopa el resto de la temporada no tuvo más logros. El club volvió a estar de luto el 27 de mayo de 2004 por la muerte de Umberto Agnelli.
