Em 1990, Giampiero Boniperti entregou o mandato presidencial ao Sr. Vittorio Caissotti di Chiusano. Três anos depois, a Juventus conquistou sua terceira Copa UEFA, mas não teve a melhor campanha nacional. Em 1994, o clube iniciou uma reforma. Chiusano continuou como presidente, e Roberto Bettega, Antonio Giraudo e Luciano Moggi apareceram nas operações.
Marcelo Lippi começou a treinar a Juve e novos destaques apareceram, como Ferrara na defesa, Paulo Sousa e Deschamps no meio-campo e Gianluca Vialli e Roberto Baggio junto com um jovem interessante no ataque. Aquele menino chegou depois de um ano em Pádua e e mostrou personalidade e técnica notáveis. Um certo Alessandro Del Piero, que conseguiu reescrever todos os recordes da Juventus. A temporada seguinte foi de disputa com o Parma, que conseguiu vencer a Juve na final da Copa UEFA. Apesar disso, os Bianconeri conseguiram conquistar o Scudetto e também vencê-los na final da Copa Itália. O ano teve sucessos, mas também a tragédia que levou à morte de Andrea Fortunato em 25 de abril de 1995 devido a uma doença incurável. O scudetto permitiu que a Juve voltasse à Liga dos Campeões no ano seguinte, quando derrotou o Real Madrid nas quartas de final e o Nantes nas semifinais. A final foi disputada em Roma, contra o atual campeão Ajax. Em 22 de maio de 1996, ele terminou em 1 a 1, e então os Bianconeri converteram todas as penalidades. O goleiro Peruzzi salvou dois e Jugovic desatou a loucura depois de converter o último chute que sagrou a Juve como campeã europeia.
O elenco mudou drasticamente na temporada seguinte, com as saídas de Vialli e Ravanelli, e as chegadas de Boksic, Vieri e Amoruso. Montero e Zidane também vieram para fortalecer a defesa e o meio-campo, respectivamente. Com gol de Del Piero, os Bianconeri voltaram a conquistar o Intercontinental, após vencer o River Plate na final disputada em Tóquio. A equipe também conquistou o Scudetto e a segunda final consecutiva da Liga dos Campeões foi para os ex-jogadores da Juve Moeller e Paulo Sousa. A temporada seguinte também viu os Bianconeri perto da glória, perdendo para o Real Madrid em Amsterdã. Apesar disso, o clube conquistou o Scudetto de número 25 graças à forma de Inzaghi e Del Piero. Na temporada seguinte, Del Piero sofreu uma lesão em 8 de novembro de 1998 em Udine e, sem a presença dele, a Juventus, não conseguiu manter o mesmo ritmo, e Carlo Ancelotti substituiu Lippi no comando técnico
Depois de duas temporadas sem sucesso da Juve, Lippi voltou para casa em 2001. O técnico de Viareggio pegou uma equipe que havia negociado as estrelas Inzaghi e Zidane, mas as chegadas de Buffon, Thuram e Nedved foram vitais. O campeonato foi definido de forma emocionante. A Inter estava na liderança e jogou contra a Lazio, em Roma, enquanto a Juventus visitou a Udinese. Os comandados de Lippi estabeleceram uma vantagem de dois gols em apenas quinze minutos, enquanto a Inter foi para o intervalo empatando por 0-0. No entanto, a Inter tomou dois gols no segundo tempo e as esperanças de título deles acabaram. O Scudetto número 26 será lembrado por Del Piero e Trezeguet e pelas lágrimas de Ronaldo. O título foi novamente para Turim no ano seguinte, com outro ano trágico. O ‘Avvocato’ Giovanni Agnelli morreu em 24 de janeiro de 2003 e o clube ficou de luto. Em maio, a Juventus perdeu a final da Liga dos Campeões para o Milan, em Wembley, nos pênaltis.
15 de julho de 2003 foi uma data histórica porque a Juventus acertou com a cidade de Torino a aquisição do terreno onde estava localizado o estádio Delle Alpi, onde o novo estádio seria construído. Enquanto isso, os Bianconeri se vingavam do Milan vencendo a Supertaça dos Estados Unidos. A festa não durou muito devido à morte do presidente Vittorio Caissotti di Chiusano. O vice-presidente da FIAT, Franzo Grande Stevens, assumiu o cargo. Além da Supertaça, o resto da temporada não teve mais conquistas. O clube ficou de luto novamente em 27 de maio de 2004 pela morte de Umberto Agnelli.
